Proclamato “santo” Francesco il 16 luglio 1228, a meno di due anni di distanza dalla sua morte, papa Gregorio IX volle che fosse costruito un tempio in suo onore in Assisi dove fossero conservate le sue spoglie.
Raccontano le cronache del tempo: «Era il 29 marzo 1228 quando Simone di Pucciarello donò al Papa Gregorio IX la sommità della collina detta Colle dell’Inferno dove vennero eseguite le condanne a morte. La Regola della Povertà Francescana era chiara e quindi Papa Gregorio IX accettò la donazione per poi “girarla” in uso perpetuo ai Frati nelle mani di Fratello Elia successore di San Francesco e di Pietro Cattani. La collina cambiò subito nome prendendo il nome di Colle del Paradiso e su questo colle, che si dice fu indicato espressamente da San Francesco in punto di morte, sorse la grande Abbazia».
Lo stesso pontefice ne benedisse la prima pietra e nel 1230 comandò che il corpo del Santo fosse traslato dalla tomba provvisoria della chiesa di San Giorgio al nuovo tempio, cui attribuì il titolo di Basilica, «capo e madre» di tutte le chiese dell’Ordine francescano.
Fu in seguito papa Innocenzo IV a consacrarla solennemente, nel 1253. Il tempio fu elevato a Basilica patriarcale e Cappella papale da Benedetto XIV il 25 marzo 1754.